豆粕经微生物发酵后，粗蛋白质、粗脂肪、磷和氨基酸含量或利用率都有所提高，而粗纤维和钙含量有所下降，从而改善了豆粕的营养组成。其机理可能是，微生物在发酵过程中大量增殖，将豆粕培养基中的非蛋白氮、无机氮、无效矿物质及一些抗营养因子分解或转化为自身的菌体蛋白和动物可直接利用的其他营养物质。另外，微生物降解过程中的一些产物也可以降解大分子的蛋白质，使氨基酸含量增加或组成改善。马文强等(2008)通过枯草芽孢杆菌、酿酒酵母菌、乳酸菌对豆粕进行发酵，并对发酵后豆粕的营养特性进行了分析。结果表明，发酵后豆粕中粗蛋白质的含量比发酵前提高13.48%(P<0.01)，粗脂肪的含量比发酵前提高18.18%(P<0.01)，磷的含量比发酵前提高55.56%(P<0.01)，氨基酸的含量比发酵前提高11.49%，钙的含量稍有降低，差异不显著。其中胰蛋白酶抑制因子和豆粕中的其他抗营养因子得到了彻底消除，冯广勤和夏剑秋(1996)、Hirabayashi和 Yano(1998)、Feng等(2006)也得到同样结论。杨旭等(2008)发现发酵后的豆粕中的赖氨酸、蛋氨酸和苏氨酸含量分别比发酵前提高 16.28%、56.41%和17.01%，17种氨基酸总量提高6.58%，提高了豆粕原料的蛋白质品质和饲用价值。

饲喂发酵豆粕能促进仔猪消化系统的发育。陈文静(2004)通过组织学和电子显微镜观察，发现饲喂发酵豆粕的仔猪胃和小肠均发育良好，小肠绒毛呈指状，形态正常，肠壁肌变厚，肠绒毛高度、隐窝深度与对照组差异显著(P<0.05)。试验各组仔猪的胃内容物pH变化保持适宜水平，增强了胃蛋白酶活性，提高了蛋白质的消化率。这说明饲喂发酵豆粕较为符合仔猪的生理特点。

豆粕中含有的大豆异黄酮具有广泛的生物学活性，发酵处理可以提高其含量，其抗氧化活性也显著增强。汪立君等(2003)研究发现，发酵豆粕中的异黄酮的抗氧化效果要优于同等浓度的豆粕中的异黄酮，和其他学者的研究一致(杨国峰等，2005;姚明兰等，2003;吴定等，2001)发酵过程中还可以产生大量的维生素、抗生素和未知的促生长因子，不同的菌种产生的促生长因子和含量也不同。发酵豆粕具有一定的芳香和新鲜气味，适口性也较好。吴晖等(2008)发现，豆粕在28～32℃下经枯草牙孢杆菌发酵后具有或浓或淡的醇香气味。