发酵豆粕大部分用作饲料，少部分用于发酵食品生产，以发酵豆粕为原料进行深加工和综合利用的研究相对薄弱。

常见的加工发酵豆粕方法是酶解发酵豆粕和发酵发酵豆粕，即利用现代生物技术将大豆蛋白通过蛋白酶酶解或微生物发酵降解为可溶性蛋白和小分子多肽的混合物。经过酶解或发酵处理的蛋白由于比传统大豆中蛋白质更易于吸收、低抗原等特点，被认为是幼龄动物饲料的理想植物蛋白。

酶解发酵豆粕主要用于大豆肽的液态生产。它存在一系列的限制因素，首先蛋白质水解过程中产生的苦味、臭味无法完全抑制，尤其是大规模生产中，降低和脱除水解过程中的苦味和臭味需要很高的成本。较高的价格是限制大豆肽进入市场的主要原因。其次用于水解的酶制剂仅限于食品工业中的常用几种，单一或混合使用均无法彻底消除水解过程中产生的苦味和臭味。寻找克服水解过程中的苦味的蛋白酶，任务非常艰巨。且水解度难以控制。

随着固态发酵技术的改进和完善，固态发酵不仅可以应用于液态生产不能实现的过程，而且可以弥补液态生产的不足与缺陷。应用现代固体发酵技术能实现大规模生产，而且其投资规模和生产成本往往要比液态法低，更重要的是现代固态发酵往往没有影响环境的污染废物产生，在食品加工业中将发挥越来越重要的作用。固态发酵其中一个重要应用领域就是利用微生物转化农作物及其副产物，以提高它们的营养价值，减少对环境的污染。经研究表明，发酵豆粕经固态发酵则可有效提高蛋白质的生物转化率。

发酵豆粕中的大豆蛋白含量很高，在43.0%～55.0%之间，而且其中80.0%以上都是水溶性蛋白。其中赖氨酸2.5%～3.0%、色氨酸 0.6%～0.7%、蛋氨酸0.5%～0.7%、胱氨酸0.5%～0.8%、胡萝卜素0.2mg/kg～0.4mg/kg、硫胺素3mg/kg～6mg /kg、核黄素3mg/kg～6mg/kg、烟酸15mg/kg～30mg/kg、胆碱2200mg/kg～2800mg/kg。